當下較好的微射流均質機默契地都采用“Y”型或“Z”型構造的均質腔，其原理微妙的差異也對應用領域進行了進一步劃分：

使用“Y”型均質腔，物料流體在加速過程中被分為兩股細流，通過微管通道后正面碰撞混合，在獲得較高的結合相對速度時其本身所受的碰撞力較為柔和，此過程有利于混合、乳化作用。

使用“Z”型均質腔，物料流在高速通過微管通道時受到的高剪切力將自身粒徑減小，緊接著其與均質腔內壁產生的高碰撞力進一步對物料進行去團聚、松團作用，此過程更有利于降低粒徑分布、去團聚、分散等作用。

根據微射流均質機的工作原理將物料的粉碎過程分成3個階段：進入閻孔段，經過和離開閥孔段和靶板撞擊段，結合強度理論和流體動力學的數值模擬，對各段的超微粉碎作用形式和效果進行分析。結果表明，在液流加速進入閥孔階段，壓力梯度，空化效應是料液中的懸浮物破碎的關鍵機制；經閥孔噴出段的湍流碰撞與摩擦加劇了顆粒的剪切破碎；靶板撞擊段強化了破碎效果。